Le premier acte faisant mention de la commanderie, daté de 1200, laisse supposer que les templiers étaient là depuis un certain temps. En 1214, un texte évoque la domus milicie Templi que vocatur Espailli.
Dès l’origine, Épailly est un domaine richement doté par Milon, comte de Bar-sur-Seine, et par les Chappes, en 1208 et 1210, sur les finages de Bissey-la-Côte et de Courban. Le comté de Bar-sur-Seine sera rattaché à la Champagne dans les années 1220.
Les templiers étendent leur domaine vers Louesme, Vanvey et Voulaines-les-Templiers (Côte-d’Or). Ils créent une maison du Temple, mentionnée dès 1213, à Bissey-la-Côte. Hugues de Pairaud est commandeur d’Épailly en 1280. Grand visiteur de France, en 1292 il est le compétiteur de Jacques de Molay à l’élection comme grand maître. Il restera attaché à sa commanderie d’Épailly et y recevra de nouvelles recrues à la fin du XIIIe siècle. L’interrogatoire d’Hugues de Pairaud est un temps fort du procès.
