Avant 1143, Dreu le Borgne, frère de Josbert le Grand de Villemaur, donne aux Templiers toute sa seigneurie. En 1208, Raoul Britaud, de Provins, leur donne à son tour Le Mesnil et tout ce qu’il possède en la rue « Pute Aoite ».
À l’époque hospitalière, la commanderie de Mesnil-Saint-Loup fut rattachée à celle de Coulours (Yonne). Un plan de 1774 attribue à la seigneurie de Mesnil-Saint-Loup une superficie supérieure à 1200 ha. A proximité de l’église, il mentionne une pièce de terre appelée « le cloître » qui semble correspondre à l’emplacement de l’ancienne maison templière.
De l’époque où Mesnil-saint-Loup était une seigneurie appartenant aux Templiers, ne subsiste que l’abside semi-circulaire du XIIe siècle de la chapelle.
